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Emilie Breugnot a travaillé pendant 10 ans sur les questions de caractérisation de l’état des cours d’eau, notamment à travers le suivi de populations piscicoles. Elle est depuis 2017 Chef adjointe du service connaissance à la Direction Régionale Nouvelle-Aquitaine de l’Office Français de la Biodiversité où elle pilote et met en œuvre des programmes de surveillance des espèces et des milieux en appui au rapportage de directives et de règlements européens ainsi qu'à l’élaboration de politiques publiques en faveur de la biodiversité. A travers ses travaux et ses missions, elle s'intéresse notamment à la gestion quantitative de la ressource en eau et aux conséquences du changement climatique sur la biodiversité aquatique.